La historia trata sobre una clase de secundaria Kunugigaoka, que tiene la intención de asesinar a su profesor: "Korosensei", una mezcla de Korosenai, imposible de matar y sensei, profesor, un ser con tentáculos que destruye parcialmente la Luna dejando una permanente Luna creciente y amenaza con destruir la Tierra en el plazo de un año, a no ser que alguno de ellos lo elimine antes de la graduación. Para incentivar a la clase a acabar con Koro-sensei, el gobierno promete dar como recompensa 10 mil millones de yenes a quien lo consiga.