San Juan es un juego de cartas basado en Puerto Rico. La baraja de 110 cartas consta de edificios de producción (índigo, azúcar, tabaco, café y plata) y edificios "violetas" que otorgan poderes especiales o puntos de victoria extra. Las cartas de la mano se pueden construir o usar como dinero para construir algo más; Las cartas de la baraja se utilizan para representar los bienes producidos por los edificios de producción, en cuyo caso se dejan boca abajo. Se aplica un límite de mano de siete cartas una vez por ronda.
En cada ronda (o gobernación), cada jugador selecciona uno de los roles disponibles, lo que desencadena un evento que generalmente afecta a todos los jugadores, como producir bienes o construir edificios. La persona que elige el papel obtiene un privilegio, como producir más bienes o construir más barato.
Aunque es similar en concepto a Puerto Rico, el juego tiene muchos mecanismos diferentes. En particular, el juego no incluye colonos ni envío de mercancías; la producción y el comercio de bienes normalmente se limitan a una tarjeta por fase; y las operaciones no se pueden bloquear. Los puntos de victoria se obtienen exclusivamente construyendo, y el juego termina tan pronto como un jugador ha levantado doce edificios.